Działalność Instytutu, skoncentrowana wokół badania, komentowania i popularyzowania nauczania Jana Pawła II, polega na organizowaniu cyklicznych przedsięwzięć, takich jak:

• Kolokwia – jednodniowe dyskusje panelowa ludzi Kościoła oraz wybitnych przedstawicieli świata nauki, polityki i kultury poświęcone istotnym problemom Polski i Europy.
   
• Szkoły Letnie Tertio Millennio on the Free Society – organizowane od 1993 r. trzytygodniowe seminaria prowadzone w języku angielskim dla studentów i młodych naukowców z Europy Środkowo-Wschodniej oraz Stanów Zjednoczonych poświęcone analizie współczesnej demokracji, etycznym wyzwaniom kapitalizmu oraz problemom w budowaniu społeczeństwa obywatelskiego. Wykładowcami w trakcie Szkoły są wybitni naukowcy z USA, m.in. Michael Novak, George Weigel, Richard Neuhaus. więcej...

• Szkoły Zimowe – wyjazdowe seminaria dla maturzystów, studentów kleryków i doktorantów z całej Polski. W trakcie Szkoły wykłady głoszą znawcy tematyki społecznej, tacy jak Władysław Bartoszewski, Jan Krzysztof Bielecki, Ryszard Legutko, Krzysztof Zanussi. Do tej pory odbyło się 27 Szkół. więcej...  

• Debaty Milenijne – zainicjowany w październiku 2000 r. cykl comiesięcznych spotkań przyjaciół Instytutu oraz absolwentów Szkół poświęcone ważnym i aktualnym problemom życia społecznego. Aktualnie odbywają się one w dziewięciu miastach Polski: Gdańsku, Krakowie, Lublinie, Łodzi, Poznaniu, Szczecinie, Toruniu, Warszawie i Wrocławiu.
  
• Medialne Archiwum Jana Pawła II – zainicjowany w 2005 r. projekt, którego celem jest zebranie w formie wywiadów filmowych unikalnych świadectw osób blisko związanych z Karolem Wojtyłą i Janem Pawłem II (do 2009 roku ma powstać około 250 takich wywiadów). Projekt ten realizowany jest we współpracy z Wyższą Szkołą Europejską. więcej...
   
• Konkurs Papież o Młodych, Młodzi o Papieżu – organizowany od 2005 r. konkurs wiedzy na temat życia i nauczania Jana Pawła II kierowany do uczniów Szkół ponadgimnazjalnych. tej jego części która skierowana jest do młodzieży. Od 2007 r. Konkurs odbywa się w dwóch edycjach: Dolnośląskiej i Małopolskiej; a od 2008 r. także w województwach Pomorskim, Lubelskim oraz Wielkopolskim. Główną nagrodą dla uczestników z każdego regionu jest wycieczka dla dwóch osób do Rzymu, a dla szkół, które wysłały najlepszych uczniów w 2008 r. projektor multimedialny. Od 2009 roku pierwszy etap konkursu będzie odbywał się on-line.
   
• Akademia Solidarności – odbywające się raz w roku w Gdańsku kilkudniowe seminarium dla młodych ludzi na temat dziedzictwa Sierpnia ’80. Poprzez wykłady, warsztaty i spotkania z historycznymi postaciami ruchu „Solidarność”, Akademia pragnie przybliżać młodym ludziom różne wymiary solidaryzmu społecznego: historyczny, ekonomiczny, społeczny, a przede wszystkim moralny.
   
• Biuletyn ITM – internetowy kwartalnik tematyczny tworzony przez osoby związane z Instytutem, który ukazuje się w formie elektronicznej. Biuletyn jest miejscem, w którym uczestnicy Debat Milenijnych mogą rozwijać tematy poruszane przez nich w trakcie dyskusji.
   
• Studenckie Forum Dyskusyjne we Wrocławiu – tydzień społeczny, w trakcie którego odbywają się wykłady, warsztaty oraz spotkania na tematy społeczno-polityczne.
   
• "AZYMUT" – redagowany w latach 1998 – 2003 comiesięczny dodatek religijno-społeczny do "Gościa Niedzielnego". Stałymi autorami dodatku byli: Jarosław Gowin, Wojciech Roszkowski, Krzysztof Piesiewicz, Maciej Zięba OP, Michał Zioło OCSO, Andrzej Zoll.
   
• Publikacje - Instytut zajmuje się również wydawaniem książek. Najpoważniejszą pozycją jest opublikowany w sześciu językach "Program społeczny - wybór tekstów Magisterium Kościoła", przygotowany wraz z Acton Insitute for Study of Religion and Liberty pod auspicjami Papieskiej Rady "Iustitia et Pax".

Główna siedziba Instytutu mieści się w Krakowie. Posiadamy także dwa oddziały regionalne: we Wrocławiu oraz w Warszawie.